Kereta api Sancaka beroperasi sejak 21 Mei 1997 dan melayani koridor Yogyakarta - Surabaya. Perjalanan sejauh 311 km ditempuh dalam waktu kurang dari 5 jam.
Rangkaian KA Sancaka memiliki kapasitas sebanyak 496 tempat duduk dan menawarkan layanan untuk pemerjalan kelas eksekutif dan bisnis. Sancaka diambil dari nama seekor ular naga sakti yang siap melindungi.
Sejak tanggal 1 Desember 2002 diluncurkan KA Sancaka II yang menawarkan alternatif perjalanan pada pagi hari dari Yogyakarta - Surabaya dan sore atau malam hari dari arah sebaliknya (berkebalikan dengan perjalanan yang ditawarkan oleh Sancaka I).