Sejarah
Pada tanggal 6-13 November 1949 diadakan "Konferensi Persiapan Dewan Gereja-gereja di Indonesia". Sebelum Perang Dunia II telah diupayakan mendirikan suatu Dewan yang membawahi pekerjaan dan Zending; namun karena pecahnya Perang Dunia II maksud tersebut diundur. Setelah Perang Dunia II berdirilah tiga buah Dewan Daerah, yaitu "Dewan Permusjawaratan Geredja-geredja di Indonesia", berpusat di Yogyakarta (Mei 1946); "Madjelis Oesaha Bersama Geredja-geredja di Indonesia bagian Timur", berpusat di Makassar (Maret 1947) dan "Madjelis Geredja-geredja bagian Soematera" (awal tahun 1949), di Medan. Ketiga dewan daerah ini didirikan dengan maksud membentuk satu Dewan Gereja-gereja di Indonesia, yang melingkupi ketiga dewan tersebut.
Pada tanggal 21-28 Mei 1950 diadakan Konferensi Pembentukan Dewan Gereja-gereja di Indonesia, bertempat di Sekolah Theologia Tinggi (sekarang STT Jakarta). Yang hadir dalam konferensi tersebut adalah: (1) HKBP; (2) Gereja Batak Karo Protestan; (3)Geredja Methodis Sumatera; (4) Banua Niha Keriso Protestan; (5) Huria Kristen Indonesia; (6) Geredja Dajak Evangelis; (7) Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat; (8) Gereja Protestan Indonesia; (9) Geredja-geredja Gereformeerd; (10) Geredja Pasundan; (11) Patunggilan Pasamuan Kristen sekitar Muria; (12) Geredja Kristen Djawa Tengah; (13) Geredja Kristen Djawa Tengah Utara; (14) Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee/Khoe Hwee Djawa Barat; (15) Gereja Kristus; (16) Djakarta Chi Hui; (17) Geredja Kristen Tionghoa Djawa Tengah; (18) Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee /Khoe Hwee Djawa Timur; (19) Geredja Kristen Protestan Bali; (20) Geredja Kristen Sumba; (21) Geredja Kristen Maluku.
Salah satu agenda dalam konferensi tersebut adalah pembahasan tentang Anggaran Dasar DGI. Pada tanggal 25 Mei, Anggaran Dasar DGI disetujui oleh peserta konferensi dan tanggal tersebut ditetapkan sebagai tanggal berdirinya Dewan Gereja-gereja di Indonesia (DGI) dalam sebuah "Manifes Pembentoekan DGI":
"Kami anggota-anggota Konferensi Pembentoekan Dewan Geredja-geredja di Indonesia, mengoemoemkan dengan ini, bahwa sekarang Dewan Geredja-geredja di Indonesia telah diperdirikan, sebagai tempat permoesjawaratan dan oesaha bersama dari Geredja-geredja di Indonesia, seperti termaktoeb dalam Anggaran Dasar Dewan Geredja-geredja di Indonesia, jang soedah ditetapkan oleh Sidang pada 25 Mei 1950.
Kami pertjaja, bahwa Dewan Geredja-Geredja di Indonesia adalah karoenia Allah bagi kami di Indonesia sebagai soeatoe tanda keesaan Kristen jang benar menoedjoe pada pembentoekan satoe Geredja di Indonesia menoeroet amanat Jesoes Kristoes, Toehan dan Kepala Geredja, kepada oematNja, oentoek kemoeliaan nama Toehan dalam doenia ini."
Dalam perjalanan sejarahnya, pada Sidang Raya X di Ambon tahun 1984, nama Dewan Gereja-gereja di Indonesia diubah menjadi Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia. Pergantian nama itu mengandung perubahan makna. Persekutuan adalah bahasa/istilah Alkitab, yang menyentuh segi eksistensial, internal dan spiritual dari kebersamaan umat Kristiani. Kata "persekutuan" ini lebih mengedepankan keterikatan lahir dan batin antar gereja anggota.

Majelis Pekerja Harian
Kegiatan sehari-hari PGI ditangani oleh "Majelis Pekerja Harian" yang terdiri atas Ketua Umum, beberapa ketua, Sekretaris Umum, Wakil Sekretaris Umum, Bendahara, dan Wakil Bendahara, serta sejumlah anggota.
Jabatan Ketua Umum PGI untuk periode 2004-2009 dipegang oleh Pdt. Dr. A.A. Yewangoe dari Gereja Kristen Sumba, sementara Sekretaris Umum dipegang oleh Pdt. Weinata Sairin, M.Th. dari Gereja Kristen Pasundan.
Dalam menjalankan roda organisasinya, MPH PGI dibantu oleh sejumlah Departemen dan Bidang, yaitu Departemen Perempuan & Anak, Departemen Pemuda & Remaja, Bidang Koinonia, Bidang Marturia, dan Bidang Diakonia. Selain itu ada pula Biro Komunikasi, Penelitian dan Pengembangan.
Kantor PGI terletak di Jl. Salemba Raya 10, Jakarta Pusat.

Sinode Gereja-gereja Anggota PGI

Huria Kristen Batak Protestan (HKBP)
Banua Niha Keriso Protestan (BNKP)
Gereja Batak Karo Protestan (GBKP)
Gereja Methodist Indonesia (GMI)
Gereja Kalimantan Evangelis (GKE)
Gereja Masehi Injili di Sangihe Talaud (GMIST)
Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM)
Gereja Masehi Injili di Bolaang Mongondow (GMIBM)
Gereja Kristen Sulawesi Tengah (GKST)
Gereja Toraja
Gereja Toraja Mamasa
Gereja Kristen Sulawesi Selatan (GKSS)
Gereja Protestan di Sulawesi Tenggara (GEPSULTRA)
Gereja Masehi Injili di Halmahera (GMIH)
Gereja Protestan Maluku (GPM)
GKI di Tanah Papua
Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT)
Gereja Kristen Sumba (GKS)
Gereja Kristen Protestan di Bali (GKPB)
Greja Kristen Jawi Wetan (GKJW)
Gereja Kristen Indonesia
Gereja Kristen Jawa (GKJ)
Gereja Kristen Pasundan (GKP)
Gereja Kristus
Gereja Protestan di Indonesia Bagian Barat (GPIB)
Gereja Protestan di Indonesia (GPI)
Gereja Isa Almasih
Gereja Kristen Muria Indonesia (GKMI)
Gereja Kristen Protestan Simalungun (GKPS)
Gereja Kristen Pemancar Injil (GKPI)
Gereja Bethel Injil Sepenuh (GBIS)
Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (GPPS)
Huria Kristen Indonesia (HKI)
Gereja Kristen Luwuk Banggai (GKLB)
Gereja Kristus Tuhan (GKT)
Gereja Protestan Indonesia Donggala (GPID)
Gereja Punguan Kristen Batak (GPKB)
Gereja Protestan Indonesia Gorontalo (GPIG)
Gereja Kristen Jawa Tengah Utara (GKJTU)
Gereja Kristen Kalimantan Barat (GKKB)
Gereja Gerakan Pantekosta (GGP)
Gereja Kristen Protestan Indonesia (GKPI)
Gereja Protestan Indonesia di Buol Toli-toli (GPIBT)
Gereja Kristen Protestan Mentawai (GKPM)
Gereja Kristen Indonesia Sumut
Gereja Kristen Protestan Angkola (GKPA)
Gereja Protestan Minahasa (KGPM)
Gereja Mission Batak (GMB)
Gereja Angowuloa Masehi Indonesia Nias (Gereja AMIN)
Gereja Kristen Anugerah (GKA)
Gereja Protestan Indonesia Luwu (GPIL)
Gereja Kebangunan Kalam Allah (GKKA)
Gereja Kristen Kalam Kudus (GKKK)
Orahua Niha Keriso Protestan (ONKP)
Gereja Sumatera Bagian Selatan (GKSBS)
Gereja Protestan Kalimantan Barat (GPKB Pontianak)
Igreja Protestante iha Tmor Lorosa'e
Badan Pekerja Harian Gereja Bethel Indonesia (GBI)
Gereja Kristen Injili Indonesia (GKII)
Gereja Masehi Injili Indonesia (GEMINDO)
Gereja Kristen Injili di Indonesia (GEKISIA)
Gereja Kristen Luther Indonesia (GKLI)
Gereja Protestan Persekutuan (GPP)
Gereja Kristen Setia Indonesia (GKSI)
Gereja Tuhan di Indonesia (GTdI)
Gereja Kristen Indonesia di Sulawesi Selatan (GKI-SULSEL)
Gereja Kristen Perjanjian Baru
Gereja Angowuloa Fa Awosa Kho Yesus (AFY)
Gereja Rehoboth
Gereja Protestan Indonesia di Papua
Gereja Kristen Protestan Pak Pak Dairi (GKPPD)
Gereja Keesaan Injili Indonesia (GEKINDO)
Gereja Masehi Protestan Umum (GMPU)
Gereja Protestan di Sulawesi Selatan (GPSS)
Gereja Kristen Oikoumene di Indonesia (GKO)
Gereja Sahabat Indonesia (GSI)
Gereja Utusan Pantekosta di Indonesia (GUPDI)
Gereja Protestan Indonesia di Banggai Kepulauan (GPIBK)
Gereja Masehi Injili di Talaud (GERMITA)
Gereja Kristen Abdiel
Gereja Kristus Rahmani Indonesia (GKRI)
Gereja Sidang-Sidang Jemaat Allah (GSSJA)